La tarea de coordinar los congresos recayó durante sus primeras tres ediciones (2003-2008) en el presidente de la Asociación Cultural Ubi Sunt, al que ayudaban los demás miembros de la asociación, que en aquellos años estaban terminando sus licenciaturas o iniciando sus estudios de Tercer Ciclo, razón por la cual frecuentaban la Universidad con asiduidad y podían ofrecer diversos tipos de ayuda, desde formar parte de la coordinación hasta ayudar en las mesas de información durante la celebración del evento.
La selección de la temática de cada congreso se hacía durante una asamblea ordinaria de la asociación, eligiendo en ocasiones entre las ideas que habían aportado los asistentes a los congresos. Una vez decidido el tema, los coordinadores se encargaban de asegurar las infraestructuras universitarias (aula magna, equipos audiovisuales, etc.), la colaboración de diversos expertos en el tema y el apoyo económico de diversas instituciones.
Aunque los conferenciantes solían ser profesores e investigadores, cada congreso poseía espacio para pequeñas comunicaciones de quince minutos, donde los estudiantes y los miembros de la asociación aprendían a sintetizar ideas, hablar en público y mantener un debate abierto con la audiencia, resultando en un importante proceso de aprendizaje que complementaba la formación que habían obtenido en las aulas.
No obstante, el año 2009 supuso un cambio importante que obligó a replantearse la actividad. Por un lado, el aumento de actividades de la asociación (aumento del tamaño de la revista, edición de libros, realización de exposiciones, campaña de fomento a la lectura, etc.) impidió que el presidente pudiera seguir ocupándose de la actividad. Por otra parte, muchos de los miembros originales de la asociación habían acabado ya sus estudios, por lo que había menos personas que pudiesen ayudar. Con todo, los coordinadores de aquel año hicieron un evento más que digno, que contó con un buen número de participantes, pero se hacía evidente que el modelo de trabajo tenía que cambiar para adaptarse a la nueva realidad de la asociación.
Ubi Sunt? 